A pesquisa agropecuária na região Amazônica foi iniciada em 1939, quando foi criado o Instituto Agronômico do Norte (IAN), transformado, em 1962, em Instituto de Pesquisa Agropecuária do Norte (IPEAN). Em 1980 foi criado o Núcleo de Pesquisa Agropecuária do Amapá, administrativamente vinculado ao Centro de Pesquisa Agropecuária do Trópico Úmido (CPATU), com o objetivo de gerar tecnologias agrícolas de baixo custo para o território, visando, fundamentalmente, a autosuficiência na produção de alimentos. Em 1981, a partir da experiência do Núcleo de Pesquisa, com o apoio do governo do Amapá foi criada a Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Territorial de Macapá (UEPAT de Macapá), com sede na capital do Território, com o objetivo de gerar e/ou adaptar tecnologias adequadas às condições ecológicas regionais. As UEPAT s dentro do sistema Embrapa, foram criadas e definidas como instituições transitórias, a fim de permitir aos estados a possibilidade de desenvolverem sistemas próprios de pesquisa. Entretanto, apesar da importância que a pesquisa agropecuária representa para o desenvolvimento agropecuário e florestal, alguns estados não tiveram condições de implantar suas próprias empresas e, aqueles que lograram, atualmente demonstram sérias dificuldades em mantê-las. Com a criação do Estado do Amapá, a Unidade passou a assumir uma nova identidade, Unidade de Execução de Pesquisa de Âmbito Estadual (UEPAE de Macapá), que em 01.03.1991, foi transformada em Centro de Pesquisa Agroflorestal do Amapá (CPAF Amapá), visando proporcionar o fortalecimento das ações de pesquisa, voltadas para a geração de conhecimentos básicos e de tecnologias, que propiciem o desenvolvimento sustentado do Amapá, através de uma política harmoniosa de utilização e conservação dos recursos naturais. Além disto, pode desempenhar um papel estratégico muito importante, no que se refere ao relacionamento do Brasil com os países fronteiriços, localizados na bacia Amazônica.
A Embrapa Amapá tem por missão gerar, adaptar e transferir conhecimentos e tecnologias referentes aos sistemas de produção agroflorestal, com o uso racional e o manejo integrado dos recursos naturais, visando promover o desenvolvimento sustentável das diferentes regiões do estado, mantendo-se ou melhorando-se a qualidade do meio ambiente e contribuir para elevar o padrão de vida da população. Para a efetiva consecução da missão do Centro, devem ser destacadas as seguintes diretrizes gerais:
1. Diagnosticar, em parceria com outras instituições, as condições agroecológicas e socioeconômicas do uso da terra;
2. Desenvolver sistemas agroflorestais e silvipastoris, visando a sustentabilidade sócioeconômica dos setores agropecuário e florestal;
3. Gerar, adaptar e difundir conhecimentos e/ou tecnologias apropriadas à região, através de processos integrados de transferência de informações aos parceiros, clientes e usuários;
4. Regionalizar a pesquisa agropecuária visando o desenvolvimento de tecnologias apropriadas às peculiaridades locais para o aproveitamento racional e econômico dos recursos naturais do estado;
5. Desenvolver tecnologias e processos de produção tecnicamente viáveis e economicamente atrativos e compatíveis com a estrutura sócioeconômica da pequena propriedade sem provocar alterações ecológicas indesejáveis ou irreversíveis;
6. Interagir com instituições e organizações, objetivando o intercâmbio e/ou a venda de produtos, conhecimentos, tecnologias ou serviços;
7. Intensificar o processo de transferência de tecnologias, através de uma estreita articulação com a extensão rural e com as organizações de produtores;
8. Propiciar que a aplicação do conceito de desenvolvimento sustentado atenda às necessidades atuais e futuras da sociedade, melhorando a qualidade de vida na região;
9. Alcançar e manter um nível de pesquisa onde as exigências do método científico sejam plenamente atendidas, a criatividade exercitada e a eficácia dos resultados comprovados;
10. Atender as demandas dos usuários através da capacitação de agentes multiplicadores, treinados em interação com as fases de pesquisa e transferência de tecnologias, sustentadas por um sistema de informações técnicas;
11. Estender os benefícios dos resultados de pesquisa a todas as regiões do Amapá, bem como aos estados e países vizinhos. A Embrapa, ao estabelecer sua Estratégia Gerencial para a Gestão 1995/98 e visando a consecução dos objetivos específicos da empresa, selecionou 31 Projetos de caráter gerencial, aos quais conferiu prioridade máxima. O Projeto 28 (Fortalecimento e Redirecionamento dos Centros de Pesquisa da Embrapa na Amazônia) foi concebido com o objetivo de definir e implementar uma estratégia de fortalecimento da atividade de P&D na região Amazônica, particularmente no que concerne à fixação de pesquisadores na região, à qualidade do programa de P&D e ao aumento da produtividade de suas estruturas de Ciência & Tecnologia. Com vistas à obtenção de subsídios para o fortalecimento e redirecionamento dos Centros de Pesquisa na Amazônia e considerando-se o perfil e as peculiaridades de cada Centro, foram estabelecidas áreas de referência aos níveis estadual, mesorregional e regional. Deste modo, coube a Embrapa Amapá as seguintes atividades de referência:
1. no âmbito estadual: desenvolvimento sustentável na dimensão de pesquisa e desenvolvimento; diagnósticos temáticos/setoriais; avaliação de recursos sócioeconômicos (conservação e manejo de várzeas); avaliação de ambientes e recursos naturais; produtos de referência de interesse estadual (grãos em áreas de cerrado, seringueira, mandioca, pupunha, hortaliças, silvicultura, pecuária bovina de corte e leite, pecuária bubalina, pequenos ruminantes, manejo integrado de pragas, plantas medicinais, aromatizantes e corantes, palmeiras nativas); sistemas de produção agropecuária e florestal para áreas indígenas; sistemas de informação (aspectos gerais, bancos de dados, sistema de informações geográficas, sistema de gerenciamento de imagens); reaproveitamento de áreas degradadas pela agropecuária;
2. no âmbito mesorregional: aproveitamento de campos sob cerrados; manejo de florestas (várzeas e estuários); fruteiras nativas (plantas medicinais, sistemas agroflorestais, silvipastoris); e
3. no âmbito macrorregional as relações internacionais (Guiana Francesa)
